Aún cuando en municipios del Istmo no se persigue a los individuos que profesan una fe distinta a la Católica, la discriminación de una persona o un grupo por sus creencias se traduce como intolerancia religiosa.
La diversidad religiosa en las zonas rurales se acrecienta con intensidad, pero al mismo tiempo enfrenta inercias intolerantes, refiere el investigador Carlos Martínez García.
Dice en uno de sus artículos que el linchamiento simbólico de los no católicos ha dejado de ser la única realidad de quienes han migrado a otros credos. El hostigamiento en las comunidades indígenas es ya una de las preocupaciones.
En Tehuantepec no se ha presentado todavía algún caso de intolerancia religiosa que pueda llegar al linchamiento de una persona por no compartir el mismo credo de las mayorías, a pesar de ser una comunidad indígena donde predominan los usos y costumbres en la celebración de sus ceremonias religiosas.
La antigua metrópoli zapoteca es una población fundada por la orden dominica, así como varios municipios del Istmo, y por tradición veneran a Santo Domingo de Guzmán.
El presbítero Manuel Olivera asegura que en Tehuantepec aún no se vive un caso de intolerancia religiosa, puesto que cada uno tiene libertad de elegir y profesar el credo que más le convenga.
En las comunidades indígenas de la zona Mixe se han presentado algunos casos de intolerancia religiosa, a pesar de que en algunas comunidades como Nativitas Coatlán, la cual se rige por los usos y costumbres, el catolicismo dejó de ser mayoría, para dar espacio a creencias evangélicas.
