Sin tener el reconocimiento legal, el Comisariado de Bienes Comunales de San Pedro Pochutla cobró una indemnización de 50 millones de pesos por ceder ocho mil hectáreas en favor de Santa María Tonameca, comunidad con la cual se enfrenta un conflicto de límites.
Según la resolución del Tribunal Unitario Agrario (TUA), número 21, la entonces Secretaría de la Reforma Agraria (SRA) reconoció y tituló al Comisariado de Bienes Comunales de San Pedro Pochutla, mediante la resolución presidencial de fecha 18 de marzo de 1953, una superficie de 73 mil 898 hectáreas.
Sin embargo, esta resolución presidencial fue declarada insubsistente en su totalidad, por un juicio de garantías debido a un conflicto de límites que se sostenía con la comunidad vecina de Santa María Tonameca.
De esta manera, la SRA expidió una nueva resolución con fecha 28 de julio de 1986, donde reconoció y tituló una superficie de 37 mil 256 hectáreas, es decir, una superficie muy inferior a la que registrada primeramente.
No obstante, esta resolución nuevamente fue dejada insubsistente en un juicio de garantías y con esto, el Comisariado de Bienes Comunales de San Pedro Pochutla, quedó sin reconocimiento y sus actos son nulos de pleno derecho e incluso, hasta carece de comuneros reconocidos,
Este acuerdo y sus efectos legales aparecen en el punto séptimo de la sentencia de fecha 26 de septiembre del 2012 del propio TUA, en el juicio agrario 313/2008, en relación al conflicto de límites entre de San Pedro Pochutla y Santa María Tonameca.
Ante esto, el Comisariado de Bienes Comunales de San Pedro Pochutla y sus integrantes estaría ante el supuesto del delito de fraude procesal por cobrar la indemnización, cuando carecen de personalidad jurídica.
Por consecuencia todos los actos jurídicos, como los acuerdos de asambleas, constancias de posesión expedidas, convenios celebrados con los colindantes, trámites y gestiones en diversas instituciones del gobierno federal y estatal, así como lo actuado en diversos juicios, serían nulos de pleno derecho.
